Erstmals werden hier 84 Handschriften, ein Handschriftenfragment und ein Blockdruck der Berner Codices-Sammlung, die durch den Gelehrten und Diplomaten Jaques Bongars (1554-1612) begründet wurde, vollständig beschrieben. Zu der Sammlung haben unter anderem Berner Professoren der 1528 gegründeten Hohen Schule, Berner Militärs in fremden Diensten und in neuerer Zeit Afrika- und Orientreisende beigetragen. Die älteste Handschrift stammt aus dem Jahr 1413, die jüngste aus dem Jahr 1878. Sprachlich liegt der Schwerpunkt auf dem Arabischen, gefolgt von Äthiopisch, Türkisch und Persisch. Thematisch finden sich unter den religiösen Werken Koranexemplare, Hymnen, Texte aus dem Alten und Neuen Testament sowie Gebetbücher. Die Sammlung enthält ferner Abhandlungen zur Jurisprudenz, Medizin, Grammatik, Geschichte, Mystik, Kosmographie, einen Fürstenspiegel und orientalistische Arbeiten des Berner Reformators Wolfgang Musculus (1497-1563) und der Gelehrtenfamilie Kocher. Hervorzuheben sind ein teilweise in arabisch geschriebenem Spanisch (Aljamiado) verfasstes Gebetbuch, eine illustrierte Handschrift der Kosmographie Qazwinis und eine Abschrift äthiopischer Hymnen von Johann Michael Wansleben (1635-1679), einem der Begründer der deutschen Äthiopistik.