Das Profil der Zeitschrift für Balkanologie, eines der führenden balkanologischen Publikationsorgane, entspricht der am ehemaligen Institut für Balkanologie der Freien Universität Berlin entwickelten und seit 1997 an der Friedrich-Schiller-Universität Jena fortgeführten Lehr- und Forschungskonzeption, deren Ziel es ist, die Kulturen auf der Balkanhalbinsel in ihren sprachlichen und außersprachlichen Manifestationen ethnien- und sprachfamilienübergreifend, vergleichend und interdisziplinär-integrativ zu untersuchen.
Somit auch ein Forum des wissenschaftlichen Diskurses zu Grundsatzfragen der Balkanologie bzw. Südosteuropaforschung, ist es das eigentliche Ziel der Zeitschrift für Balkanologie, möglichst vielfältige, interdisziplinäre und vergleichende Forschungsergebnisse zu Südosteuropa in seiner weitesten, von der Türkei über den eigentlichen Balkanraum bis nach Ungarn reichenden Ausdehnung zu präsentieren. Das Spektrum umfasst Themenbereiche aus der Sprach-, Kultur- und Literaturwissenschaft, Ethnologie, Volkskunde und Folklore. Es erscheinen in ihr Beiträge von Balkanologen und Südosteuropaforschern aus europäischen und außereuropäischen Ländern in deutscher, englischer, französischer, italienischer und russischer Sprache.