Die Forschungsbibliothek Gotha besitzt eine der bedeutendsten handschriftlichen Sammlungen zur Reformationsgeschichte in der Bundesrepublik Deutschland. Der von dem Reformationshistoriker Daniel Gehrt erarbeitete Katalog beschreibt erstmals ausführlich 260 Handschriftenbände der Bibliothek, die den Kern der reformationsgeschichtlichen Sammlung auf Schloss Friedenstein Gotha bilden.
Das äußerst vielfältige und konfessionsübergreifende Corpus umfasst 15.800 Einzelstücke aus dem gesamten 16. Jahrhundert. Es setzt sich vor allem aus Nachlässen der lutherischen Dynastie der Ernestiner und aus ihren konfessionell motivierten Erwerbungen zusammen. Der Schwerpunkt liegt auf der Wittenberger Reformation und ihrer Breitenwirkung bis in die Niederlande, nach Schweden und Ungarn. Die Sammlung zeugt von den internationalen Beziehungen und kulturellen Kontakten der zahlreichen Akteure aus weit auseinander liegenden Teilen Europas bis nach Russland und Konstantinopel. Neben beachtlichen Sammlungsteilen zu Martin Luther, Georg Spalatin, Philipp Melanchthon, Friedrich Myconius und Paul Eber werden Teilnachlässe der später wirkenden lutherischen Theologen Stephan Gerlach, Ägidius Hunnius und Georg Mylius beschrieben. Die Reformierte Kirche ist mit umfangreichen Konvoluten aus den Nachlässen der Genfer Theologen Jean Calvin und Théodore de Bèze sowie des Herborner Theologen Johannes Piscator vertreten. Die Briefbände der ermländischen Bischöfe, allen voran Stanislaus Hosius, enthalten reiches Quellenmaterial zum Trienter Konzil und zur römisch-katholischen Kirche in Polen. Im Katalog sind 4.000 Namen recherchierbar, unter ihnen zahlreiche bislang wenig bekannte Akteure.